Тойота Версо выпускалась с двумя типами трансмиссий:
* **Вариатор (CVT)**: большинство моделей Версо с бензиновыми двигателями оборудованы вариатором.
* **6-ступенчатая автоматическая коробка передач**: некоторые модели Версо с дизельными двигателями доступны с 6-ступенчатой автоматической коробкой передач.